Xã có diện tích 7,631 km², dân số năm 2019 là trên 9 ngàn người, mật độ đạt 1.213 người/km². Xã nằm cách trung tâm TP Việt Trì khoảng 14 km.
Phía Bắc giáp xã Tứ Xã, phía Nam giáp sông Thao (Hồng), bên kia (bờ hữu) là thị trấn Hưng Hóa và xã Hồng Đà (huyện Tam Nông); phía Đông giáp xã Vĩnh Lại; phía Tây giáp xã Kinh Kệ.
Nằm trên địa bàn huyện Lâm Thao, với nhiều ưu thế của một vùng nông nghiệp phát triển, Bản Nguyên hiện là xã có bộ mặt nông thôn nhiều khởi sắc với các mô hình kinh tế trang trại, gia trại, chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi; sản xuất rau giống; trồng chuối thương phẩm…
Đặc biệt, Bản Nguyên cũng là xã nổi tiếng trong huyện với làng Quỳnh Lâm - một làng đặc biệt - làng có rất nhiều gia đình bán hủ tiếu (món ăn miền Nam) cho thu nhập cao, bình quân từ 13-15 triệu đồng/người/tháng…
Là một xã nông nghiệp, để phát triển kinh tế, tăng thu nhập, nâng cao mức sống của người dân, địa phương đang tìm hướng đi trong xuất khẩu lao động, phấn đấu vươn lên là một trong những xã của huyện Lâm Thao có nguồn cung ứng lao động xuất khẩu dồi dào.